Recuperación de deducciones I+D+i no aplicadas: la doctrina TEAC tras 2025

El crédito fiscal histórico que muchas empresas ignoran

Hay un patrón que se repite en empresas con trayectoria de I+D+i: proyectos ejecutados en ejercicios pasados sobre los que nunca se aplicó la deducción del art. 35 LIS. Las razones son varias —desconocimiento, insuficiencia de cuota, indecisión sobre la elegibilidad técnica, o simplemente miedo a una inspección. El resultado es el mismo: créditos fiscales latentes en la memoria de la empresa, no contabilizados, no aplicados, en muchos casos todavía recuperables.

La pregunta que abre este recurso es práctica: si una empresa identifica hoy gastos de ejercicios anteriores que cumplen los requisitos del art. 35 LIS pero no se incluyeron en su autoliquidación del IS del año correspondiente, ¿puede recuperarlos? La respuesta corta es sí, dentro del plazo de 18 años del art. 39.1 LIS, y por dos vías distintas según cuándo se presentó la autoliquidación original. La respuesta larga es toda una doctrina —y un giro jurisprudencial reciente— que conviene conocer antes de mover ficha.

Antes de entrar en materia, dos definiciones legales del propio art. 35 LIS que delimitan el alcance objetivo de la deducción:

Art. 35.1.a) LIS — Investigación y Desarrollo: “Se considerará investigación a la indagación original planificada que persiga descubrir nuevos conocimientos y una superior comprensión en el ámbito científico y tecnológico, y desarrollo a la aplicación de los resultados de la investigación o de cualquier otro tipo de conocimiento científico para la fabricación de nuevos materiales o productos o para el diseño de nuevos procesos o sistemas de producción, así como para la mejora tecnológica sustancial de materiales, productos, procesos o sistemas preexistentes.”

Art. 35.2.a) LIS — Innovación tecnológica: “Se considerará innovación tecnológica la actividad cuyo resultado sea un avance tecnológico en la obtención de nuevos productos o procesos de producción o mejoras sustanciales de los ya existentes. Se considerarán nuevos aquellos productos o procesos cuyas características o aplicaciones, desde el punto de vista tecnológico, difieran sustancialmente de las existentes con anterioridad.”

Si los proyectos históricos se ajustan a una de estas dos definiciones y la empresa conserva documentación coetánea suficiente, hay materia recuperable.

El cambio de criterio del 24 de junio de 2022

Durante años, la Dirección General de Tributos (DGT) admitió que las deducciones I+D+i no consignadas en la autoliquidación del periodo de generación pudieran aplicarse directamente en autoliquidaciones de ejercicios posteriores sin necesidad de rectificar la original. La doctrina permisiva se apoyaba en la singularidad de la deducción I+D+i: el contribuyente puede no tener seguridad sobre la elegibilidad técnica hasta que la entidad certificadora se pronuncia, lo que justifica acreditarla con posterioridad.

Ese marco cambió formalmente el 24 de junio de 2022 con las Consultas Vinculantes DGT V1510-22 y V1511-22. Apoyándose en dos resoluciones previas del TEAC de 23-03-2022 (RG 514/2020 y RG 4379/2018), la DGT pasó a sostener que la deducción solo puede aplicarse en periodos posteriores previa rectificación de la autoliquidación del periodo de generación dentro del plazo del art. 120.3 LGT. El giro fue restrictivo y, en la práctica, complicó enormemente la recuperación de deducciones antiguas: si el plazo de 4 años del art. 66 LGT había prescrito para la rectificación, la vía quedaba cerrada.

El art. 120.3 LGT, en su redacción consolidada vigente, dispone literalmente:

“Cuando un obligado tributario considere que una autoliquidación ha perjudicado de cualquier modo sus intereses legítimos, podrá instar la rectificación de dicha autoliquidación de acuerdo con el procedimiento que se regule reglamentariamente.”

Y el art. 66 LGT fija el plazo de prescripción de cuatro años, entre otros supuestos, para “el derecho de la Administración para determinar la deuda tributaria mediante la oportuna liquidación” (letra a) y para “el derecho a solicitar las devoluciones derivadas de la normativa de cada tributo, las devoluciones de ingresos indebidos y el reembolso del coste de las garantías” (letra c). Sobre estos cuatro años se construye la ventana de rectificación.

La línea TS-TEAC que devolvió la doctrina permisiva

Frente al criterio restrictivo de la DGT, los tribunales reaccionaron. La línea jurisprudencial relevante incluye:

• STS 22-07-2021 (rec. 1118/2020) — precedente sobre la singularidad probatoria de las deducciones I+D+i.
• STS 24-10-2023 (rec. 6519/2021), ECLI:ES:TS:2023:4355 — el Tribunal Supremo manifestó criterio favorable a la acreditación tardía sin necesidad de rectificar previamente, en supuestos donde el contribuyente no contaba con el informe oportuno o no podía tener certeza sobre el cumplimiento de los requisitos. La sentencia no fija doctrina jurisprudencial vinculante sobre la cuestión: por motivo procesal —la sentencia recurrida se basaba en consultas DGT vinculantes anteriores al cambio de criterio de junio 2022— el Supremo resolvió el caso pero no estableció doctrina general. El criterio expresado funciona como obiter dicta y pesa en resoluciones posteriores, pero no cierra el debate.
• TEAC 00/03132/2022 de 22-02-2024 — recogió el razonamiento del Supremo y reconoció que la deducción puede acreditarse y aplicarse en periodos posteriores incluso si los ejercicios de generación están prescritos, siempre dentro del plazo de 18 años del art. 39 LIS y con cumplimiento de los requisitos sustantivos.
• TEAC 00/00765/2023 de 22-04-2024 — refuerza el criterio.

Esta línea creó una situación intermedia: la AEAT aplicaba el criterio restrictivo DGT, los TEA reconocían la confianza legítima, y los contribuyentes navegaban entre ambas en función del año de su autoliquidación.

La unificación de criterio TEAC 1267/2025

El 17 de julio de 2025, el TEAC dictó la Resolución 00/01267/2025 en recurso extraordinario de alzada para unificación de criterio interpuesto por el Director del Departamento de Inspección Financiera y Tributaria de la AEAT. El criterio fijado:

“La acreditación del derecho a aplicar la deducción por actividades de investigación, desarrollo e innovación tecnológica del Impuesto sobre Sociedades (I+D+i) sólo puede realizarse mediante la inclusión de su importe en la autoliquidación correspondiente al período impositivo en el que se genera o mediante su reconocimiento en tal período en una liquidación administrativa”.

La parte determinante de la resolución es la distinción según la fecha de presentación de la autoliquidación del periodo de generación, tomando como punto de inflexión el 24 de junio de 2022 (fecha de las Consultas DGT V1510-22 y V1511-22):

Periodo afectado	Cuándo se presentó la autoliquidación	Vía de recuperación
IS 2020 y anteriores	Antes del 24-06-2022	Vía A: aplicación directa en posterior, sin rectificar — confianza legítima
IS 2021 y posteriores	Después del 24-06-2022	Vía B: rectificación previa del periodo de generación vía art. 120.3 LGT, dentro del plazo de 4 años del art. 66 LGT

Normativa citada por la propia resolución: artículos 66, 66 bis, 120.3 y 239.8 de la Ley 58/2003 LGT y artículos 35 y 39 de la Ley 27/2014 LIS.

Aviso sobre el alcance de esta doctrina. La Resolución TEAC 1267/2025 es unificación administrativa de criterio: vincula a la AEAT y al resto de tribunales económico-administrativos, pero no vincula a los Juzgados y Tribunales de la jurisdicción contencioso-administrativa. Una sentencia futura del Tribunal Supremo que fije doctrina jurisprudencial sobre esta materia podría modificar o matizar el criterio TEAC. La STS 24-10-2023 acompañó el sentido permisivo pero, por motivos procesales, no fijó doctrina general. Operar conforme al criterio TEAC es la vía prudente hoy, sabiendo que el escenario puede ajustarse en los próximos años.

Vía A — autoliquidaciones presentadas antes del 24-06-2022

Para autoliquidaciones del IS de los ejercicios 2020 y anteriores (presentadas antes del 24-06-2022), opera el principio de confianza legítima porque el cambio de criterio DGT no había sido publicado en el momento de presentar.

La consecuencia práctica: la deducción puede acreditarse e incluirse directamente en la autoliquidación del IS de un ejercicio posterior que aún esté abierto, sin necesidad de rectificar la autoliquidación original del periodo de generación.

Procedimiento:

1. Identificar el gasto elegible y el periodo de generación.
2. Verificar que ese ejercicio no haya superado los 18 años desde su conclusión (art. 39.1 LIS).
3. Documentar la elegibilidad técnica conforme a UNE 166.001 (memoria técnica, evidencias, hojas de horas, justificantes contables).
4. Idealmente, obtener un Informe Motivado vinculante a posteriori para reforzar la seguridad jurídica frente a la AEAT.
5. Incluir la deducción en la autoliquidación del ejercicio en curso o de uno abierto, dentro de los límites del art. 39.1 LIS.

Esta vía es más sencilla y de menor coste procesal —no requiere abrir un procedimiento de rectificación con la administración— pero solo está disponible para créditos cuyo periodo de generación se autoliquidó antes del 24-06-2022.

Vía B — autoliquidaciones presentadas después del 24-06-2022

Para autoliquidaciones del IS de los ejercicios 2021 y posteriores (presentadas después del 24-06-2022), la confianza legítima no opera —el contribuyente conocía o debía conocer el criterio restrictivo. La única vía es la rectificación de la autoliquidación original del periodo de generación.

Procedimiento:

1. Confirmar que la rectificación está dentro del plazo de prescripción de 4 años desde la presentación original (art. 66 LGT).
2. Preparar solicitud razonada al amparo del art. 120.3 LGT, con la documentación técnica y contable que acredite la deducción.
3. La AEAT resuelve la rectificación. Si la admite, recalcula la cuota del periodo y genera devolución (más intereses si proceden) o reconoce el crédito a compensar/aplicar en ejercicios posteriores.
4. Lo no aplicado en el ejercicio rectificado puede arrastrarse en los ejercicios siguientes dentro del plazo de 18 años.

Esta vía es más exigente: requiere abrir un expediente con la administración, con plazos, documentación reforzada y posibilidad de comprobación previa. Si el plazo de 4 años del art. 66 LGT ya prescribió, la deducción se pierde —salvo que el contribuyente argumente y obtenga reconocimiento jurisprudencial de un supuesto excepcional.

El plazo del art. 39.1 LIS — hasta cuándo se puede recuperar

El art. 39.1 LIS, primer párrafo, dispone literalmente:

“Las cantidades correspondientes al período impositivo no deducidas podrán aplicarse en las liquidaciones de los periodos impositivos que concluyan en los 15 años inmediatos y sucesivos. No obstante, las cantidades correspondientes a la deducción prevista en el artículo 35 de esta Ley podrán aplicarse en las liquidaciones de los períodos impositivos que concluyan en los 18 años inmediatos y sucesivos.”

Es decir: 18 años para la deducción I+D+i del art. 35; 15 años para el resto. Adicionalmente, el art. 39.1 LIS fija un plazo de comprobación administrativa de 10 años desde el día siguiente al fin del plazo de declaración del periodo en que se generó el derecho. Aunque el contribuyente pueda aplicar la deducción hasta 18 años después, la AEAT puede comprobar la base de la deducción durante 10 años desde el ejercicio de generación —y, si la aplicación se produce más allá de esos 10 años, el alcance de comprobación se restringe.

Aplicado al caso típico que recoge el corpus SPE (slide 13: “deducciones desde 2008”): una deducción generada en el ejercicio 2008 se autoliquidó típicamente en 2009; el plazo de 18 años se cuenta desde la conclusión del periodo (31-12-2008) y expira el 31-12-2026. Por tanto, una empresa que en 2026 detecte un crédito histórico generado en 2008 todavía está a tiempo —pero por muy poco. Generaciones de 2007 y anteriores ya están fuera del plazo del art. 39.1 LIS.

Acreditación documental: lo que sí sigue siendo obligatorio

La doctrina TEAC sobre acreditación tardía no relaja en absoluto el estándar probatorio sustantivo. El contribuyente que recupera una deducción antigua debe sostenerla con:

• Memoria técnica del proyecto —objeto, hipótesis, novedad/incertidumbre tecnológica, metodología, resultados— alineada con UNE 166.001.
• Evidencia documental coetánea del proyecto: hojas de horas, partes de fabricación, correos, prototipos, ensayos, actas de reuniones técnicas.
• Justificantes contables de los gastos elegibles imputados al proyecto.
• Idealmente, certificación UNE 166.001 emitida por una entidad acreditada por ENAC para el periodo de generación.
• Idealmente, Informe Motivado vinculante del MICIU al amparo del RD 1432/2003, emitido a posteriori sobre la base de la certificación.

Riesgos de inspección y la nueva doctrina sobre comprobación de la base

Una recuperación de deducción de ejercicios anteriores activa un escrutinio administrativo más cuidadoso que una deducción del ejercicio en curso. La pieza nueva del rompecabezas es la Resolución TEAC 00/02397/2024 de 19-11-2024, que ha fijado un criterio determinante sobre el alcance de la comprobación administrativa incluso en presencia de Informe Motivado:

“La Inspección puede comprobar la base de la deducción practicada, suprimiendo determinados gastos, incluso cuando un informe del Ministerio de Ciencia califique la actividad como innovación tecnológica.”

Esta doctrina se apoya en el texto de la Ley 27/2014 LIS, que limita el carácter vinculante del IM a la calificación de la actividad —es decir, a si el proyecto es I+D o IT— y no extiende el blindaje a los gastos concretos imputados a la base de la deducción. Esto crea una asimetría:

• El IM blinda la calificación del proyecto: si el MICIU dice que el proyecto es I+D o IT, la AEAT no puede recalificarlo en una inspección posterior.
• El IM NO blinda la base de la deducción: la AEAT puede revisar gasto a gasto y suprimir partidas que considere no elegibles (p.ej. gastos no afectos, exceso de imputación de personal indirecto, externos sin documentación suficiente).

Esta línea TEAC introduce discrepancia con la doctrina del Tribunal Supremo elaborada bajo el TRLIS derogado (RDLeg 4/2004), que sostenía que el IM era vinculante “no solo en lo referente a la calificación del proyecto como integrante de tal innovación tecnológica, sino también en las inversiones y gastos que, presentados por las empresas, hayan sido evaluados de forma positiva”. El TEAC entiende que esa doctrina del TS solo aplica al texto del IS vigente hasta 2014; bajo la Ley 27/2014 actual, la AEAT recupera la facultad de comprobar la base. Hasta que el TS se pronuncie sobre el texto vigente, el criterio TEAC es la guía operativa.

Riesgos típicos en una recuperación de créditos antiguos:

• Pérdida de documentación coetánea —especialmente en proyectos de hace 10-15 años—. La empresa puede conservar el resultado pero no la traza del proceso.
• Inconsistencia entre lo declarado en otros ejercicios y lo que se reclama ahora (p.ej. cifras de personal investigador divergentes).
• Dudas sobre la elegibilidad técnica cuando no se contó con certificación ni IM en su día.
• Comprobación cruzada con otros beneficios fiscales ya aplicados —p.ej. bonificaciones de Seguridad Social del personal investigador (RD 475/2014)— y riesgo de incompatibilidades.
• Supresión gasto a gasto por la Inspección al amparo del criterio TEAC 2397/2024, incluso con IM vinculante en cuanto a la calificación.

Estrategias de mitigación:

• Reconstruir la documentación técnica con el equipo que ejecutó el proyecto y fechas verificables (correos, repositorios de código, expedientes de cliente).
• Preparar el desglose de gastos elegibles con el mismo nivel de detalle que se exigiría en una inspección actual: cada partida con su justificante, su imputación y su trazabilidad al proyecto.
• Solicitar IM a posteriori cuando la cuantía lo justifique y el proyecto sea defendible —el IM blinda la calificación, no los gastos, pero blindar la calificación ya es la mitad del riesgo.
• Comparar las cifras reclamadas con las consignadas en los modelos 200, 190 y TC1/TC2 del periodo, para evitar inconsistencias visibles.
• Si la empresa aplicó la bonificación SS del personal investigador en el ejercicio de generación, verificar la compatibilidad con la deducción I+D+i (vía Sello PYME Innovadora o asunción del coste de oportunidad —ver marco normativo).

Procedimiento práctico paso a paso

Plan de actuación para una empresa que detecta créditos históricos sin aplicar:

1. Inventario de proyectos elegibles — identificar los ejercicios con gasto en actividades susceptibles de calificarse como I+D+i (con las definiciones del art. 35.1.a y 35.2.a LIS), comprobar la disponibilidad de documentación técnica y contable, y estimar la cuantía aproximada del crédito por ejercicio.
2. Identificación de la vía aplicable — para cada ejercicio, determinar si la autoliquidación se presentó antes o después del 24-06-2022. Vía A (sin rectificar) o Vía B (con rectificación).
3. Verificación de plazos — comprobar que el ejercicio está dentro de los 18 años del art. 39.1 LIS y, en Vía B, dentro de los 4 años del art. 66 LGT.
4. Refuerzo documental técnico Y contable — reconstruir la memoria técnica conforme UNE 166.001, el desglose detallado de gastos elegibles con sus justificantes, y considerar certificación e IM a posteriori cuando la cuantía y el riesgo lo justifiquen.
5. Aplicación o rectificación — incluir la deducción en la autoliquidación del ejercicio en curso (Vía A) o presentar solicitud de rectificación al amparo del art. 120.3 LGT (Vía B).
6. Seguimiento — preparar el expediente para una eventual comprobación administrativa (10 años desde generación), con todos los soportes a mano y un análisis de los riesgos conocidos —incluida la posibilidad de que la AEAT suprima gastos concretos al amparo del criterio TEAC 2397/2024.

La cuantía y el horizonte de cada empresa determinan el orden de prioridades. En créditos significativos, una valoración previa con un evaluador técnico independiente ayuda a identificar qué proyectos resisten el escrutinio antes de mover el expediente.

Conclusión

La doctrina TEAC tras 2025 ha clarificado un terreno que durante tres años fue incierto. Para autoliquidaciones del IS presentadas antes del 24-06-2022, la recuperación de deducciones I+D+i no aplicadas es directa y sin rectificación previa, dentro del plazo de 18 años del art. 39.1 LIS. Para las posteriores, la rectificación del art. 120.3 LGT es obligatoria y solo cabe dentro de los 4 años del art. 66 LGT.

En ambos casos, el riesgo probatorio se concentra en la documentación técnica y contable —y, tras la TEAC 2397/2024, también en el detalle gasto a gasto—. Las empresas con créditos históricos en su activo no contabilizado tienen una ventana real, pero finita: el plazo del art. 39.1 LIS corre. Una valoración temprana del expediente —técnica, contable y fiscal— marca la diferencia entre recuperar el crédito y perderlo.